現在国内で稼働している2施設では、重粒子線がん治療費用は300万円程度で、先進医療として認められています。群馬大学においても同内容での治療が予定されています。先進医療の費用は全額自己負担となり、健康保険や高額診療費制度による助成は利用できません。ただし通常の治療と共通する部分(診察、検査、入院、薬など)の費用については健康保険などが適用されます。
任意加入の民間医療保険に加入されている方は、通院や入院に応じた給付が保険会社から受けられます。一部のがん保険など、民間医療保険の特約によっては、高度先進医療に対して費用の全額または一部が給付される場合があります。また、一部の疾患については「臨床試験」として自己負担なしで治療を行っているものもあります。